Dos niveles de secciones horizontales a través del cerebro muestran las características anatómicas principales y las relaciones entre los ganglios basales, la cápsula interna y el tálamo (mostrado en el esquema inferior). El núcleo caudado es una estructura en forma de “C” que se incurva desde el lóbulo frontal hacia el lóbulo temporal; una sección horizontal atraviesa este núcleo en dos partes diferentes (cabeza y cola). El brazo anterior, la rodilla y el brazo posterior de la cápsula interna contienen las principales conexiones hacia y desde el córtex cerebral. La cabeza y el cuerpo del caudado son mediales al brazo anterior, mientras que el tálamo es medial al brazo posterior. Estas relaciones son importantes para entender los estudios de neuroimagen y para comprender la aplicación de sistemas funcionales específicos en lesiones vasculares o ictus. Los segmentos interno y externo del glóbulo pálido se localizan mediales al putamen. La cápsula externa, el claustro, la cápsula externa y el córtex isular se localizan, de medial a lateral por fuera del putamen. El fórnix, fascículo también en forma de “C”, está seccionado en dos partes, el pilar (crus) y la columna.
