La formación hipocámpica posee cuatro fuentes principales de fibras aferentes: la corteza cerebral, el área septal, el hipocampo contralateral y diversos núcleos de la formación reticular del tronco encefálico.
El contingente de fibras más grande proviene del área entorrinal. Estas fibras se dirigen al hipocampo por dos rutas. Los axones de la vía perforante procedentes del área entorrinal cruzan el subículo, atraviesan la base del surco hipocámpico y finalizan en la circunvolución dentada. La vía del alveus o vía alvear atraviesa la sustancia blanca subcortical y el alveus y finaliza en el hipocampo. El área entorrinal forma parte del área olfatoria primaria y también recibe fibras de asociación procedentes del neocórtex del lóbulo temporal, que, a su vez, se comunica con amplias áreas del neocórtex, incluidas las áreas sensitivas de asociación. A través de estas conexiones, como también a través de otras en las que participa la corteza parahipocámpica en general, la vía perforante y la vía del alveus mantienen la formación hipocámpica informada sobre todas las sensaciones y sobre las actividades superiores del cerebro.
Las fibras aferentes de la formación hipocámpica también se encuentran en el fórnix y en la fimbria. Provienen de la formación hipocámpica contralateral, como también del área septal y de los núcleos colinérgicos basales del prosencéfalo de la sustancia innominada, estrechamente relacionados con ella. Las fibras comisurales cruzan la línea media a nivel de la comisura del hipocampo, que se describe en la sección siguiente. Otras fibras aferentes hipocámpicas del fórnix proceden de diversos núcleos del tálamo y el hipotálamo, del área tegmental ventral (dopaminérgicas), del locus caeruleus (noradrenérgicas) y de los núcleos serotoninérgicos del rafe.
Algunos circuitos neuronales del interior de la formación hipocámpica. La zona ocupada por las células principales se ha sombreado. Las neuronas del hipocampo y de la circunvolución dentada se representan en rojo y los axones de las neuronas aferentes en azul. Las pequeñas flechas negras indican un bucle de conexiones formado por fibras musgosas y colaterales de Schaffer. CA1, CA2 y CA3 son los sectores del hipocampo; CD, circunvolución dentada; CE, corteza entorrinal; CN, cola del núcleo caudado; F fimbria; h hilio de la circunvolución dentada; S, subículo.