In situ es una expresión latina que significa 'en el sitio' o 'en el lugar', y que suele utilizarse para designar un fenómeno observado en el lugar, o una manipulación realizada en el lugar. Se trata de una sección en donde es visible la totalidad del neuroeje, desde la unión bulboespinal, pasando a través del tronco del encéfalo, diencéfalo y telencéfalo. El cuerpo calloso, un gran haz de fibras de fibras comisurales que interconecta los dos hemisferios, es una referencia anatómica que separa el córtex cerebral por encima del tálamo, el fórnix y estructuras cerebrales subcorticales por debajo. En la sección mediosagital es visible el sistema ventricular, que incluye el foramen interventricular (de Monro), el tercer ventrículo (diencéfalo), el acueducto cerebral (mesencéfalo) y el cuarto ventrículo (puente o protuberancia y bulbo raquídeo). Este sistema de circulación del líquido cefalorraquídeo proporciona protección interna (el sistema ventricular) y externa (el líquido cefalorraquídeo del espacio subaracnoideo) al encéfalo y puede también servir como sistema de transporte fluido para importantes moléculas reguladoras. El tálamo funciona como puerta de entrada hacia el córtex o corteza. La proximidad del hipotálamo a la eminencia media (tuber cinereum) y a la hipófisis refleja el importante papel de esta región en la regulación de la función neuroendocrina. Una vista mediosagital también revela los colículos mesencefálicos a veces denominados techos -tectum- visual (superior) y auditivo inferior.
